XingHuiSama の 宝藏之地
首页项目归档照片墙杂谈友链关于
封面

GROMACS 2025 分子动力学模拟初探2222

✏️修改此篇
写作时间:2026-03-24
# 分子动力学
# GROMACS

终于建好博客了!

这是我的第一篇博客文章。今天整理一下如何使用 GROMACS 进行基础的分子动力学模拟设置,以及在跑完模拟后如何提取 RMSD 和 RMSF 数据...


🧪 富文本 & HTML 混合渲染测试区

下面是用来测试你的博客前端是否支持复杂 HTML 样式的代码。如果你能在网页上看到对应的视觉效果,说明完全支持富文本转译!

1. 字体颜色与加粗测试: 在进行 NVT 平衡时,如果温度出现异常剧烈的波动(红色警报),请务必检查你的步长(dt)设置是否合理,或者体系是否有空间冲突。

2. 字号大小调整测试: 这是一个 24px 的超大号文字,用于强调核心结论。 这是一个 12px 的微小字号,通常用于底部的补充说明或免责声明。

3. 荧光笔高亮测试: GROMACS 中启动成品模拟的核心指令是 gmx mdrun -deffnm md,这是跑批的关键。

4. 上下标测试 (化学与生物学必备): 在设置溶剂盒子 (solvate) 后,通常需要添加水分子 (H2O) 并中和体系。例如,我们可能需要使用 gmx genion 替换水分子来添加钠离子 (Na+) 和氯离子 (Cl-)。如果是模拟特定的金属蛋白酶,可能还需要手动加入钙离子 (Ca2+)。

5. 段落排版测试:

这是一个居中对齐且带有虚线边框的段落,通常用于展示公式或者引言。

这是一个右对齐的段落,测试对齐样式是否生效。

avatar

XingHuiSama

在代码、学术与分子动力学模拟间穿梭的旅人。近期正埋头于 GROMACS 模拟研究与神经网络计算。

RECOMMENDED

GROMACS 2025 分子动力学模拟初探2222

2026-03-24

GROMACS 2025 分子动力学模拟初探

2026-03-24

基于 MolGTC 的多靶点激酶抑制剂筛选:从虚拟到现实的漫长征途

2026-03-26

Table of Contents