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开场碎碎念笔者也是分子动力学模拟的初学者，在学习GROMACS的过程中，遇到一些不懂的知识点，在这里做个补充 均方根偏差（RMSD） RMSD是衡量分子动力学模拟过程中结构稳定性的一个重要参数。它表示某一时刻的构象与目标构象，所有原子偏差的加和的平方根的平均值。RMSD的计算考虑了分子中所有原子的位置变化，因此能够全面反映分子结构的整体稳定性。举个例子，如果RMSD值发生了显著变化，就表明分子中的原子的位置发了变化，可能指示分子发生了构象转变、解折叠或是其他结构的变化  在分子动力学模拟中，RMSD值可能随着模拟时间的增加而变化。因此，我们需要选择合适的模拟时间，确保结构的准确性和稳定性。 我们一般认为RMSD<2Å是可接受的（Å=0.1nm） 均方根波动（RMSF） RMSF用于表示蛋白质中氨基酸在动力学模拟过程中的波动程度。通过计算每个残基在整个模拟过程中相对于其平均位置的波动，RMSF提供了一个反映局部动态行为的度量。举个例子，通过RMSF曲线，可以识别出受体和配体结合时可能产生互相作用的区域 较高的RMSF值代表该氨基酸具有较大 ...

背景笔者本科是计算机科学与技术，但是研究生研究方向与分子动力学模拟相关，特开此类贴子记录学习 安装软件下载分子动力学常用软件为LAMMPS和GROMACS，笔者这里用GROMACS  首先打开下面链接进行安装包下载，可选择自己适合的版本GROMACS安装包下载http://sobereva.com/458 笔者这里用的是 2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB） 版本，如下图一所示如果未安装Visual Studio，请下载安装如下插件安装插件https://aka.ms/vs/16/release/VC_redist.x64.exe GROMACS安装包下载完成后，将它解压到合适的路径，笔者的路径如图二所示 解压完成后，在搜索框输入环境变量，选中图三红框所示部分 打开环境变量，如下图四所示 打开Path，如下图五所示 新建一行，将之前GROMACS安装包解压的路径复制进Path里面，点击保存请注意，每个人解压的位置不同，路径位置也会不同，笔者这里的路径是D:\gromacs\gmx2020 ...

背景文章初衷：帮助读者更好理解MATLAB调用摄像头的方法 文章目的：根据Matlab deep learning一书中的第一章源代码，改造GUI，加入调用摄像头，实现实时去雾效果 准备工作源代码 首先需要准备《Matlab deep learning》一书中的第一章源代码，在Matlab中打开源代码。 安装插件 安装两个插件，分别是usbwebcams和osgenericvideointerface。 查看摄像头 在以上准备工作完成后，打开下图所示位置的APP选项 随后，在里面找到Image Acquisition Explorer打开，如下图所示 如果能正常打开摄像头，如下图所示，那么恭喜你，前期准备完成！ 理解原理 将摄像头的每一帧画面导出，然后使用循环对每一帧进行去雾处理，并在axes上面显示，从而实现实时去雾处理的效果。 代码实现将摄像头引入程序 将如下代码加入到MainForm的FileOpen_Callback函数中，注意，将整个函数的内容替换。12345678910111213141516171819 ...

水调歌头苏轼丙辰中秋，欢饮达旦，大醉，作此篇，兼怀子由。明月几时有？把酒问青天。不知天上宫阙，今夕是何年？我欲乘风归去，又恐琼楼玉宇，高处不胜寒。起舞弄清影，何似在人间？ 转朱阁，低绮户，照无眠。不应有恨，何事长向别时圆？人有悲欢离合，月有阴晴圆缺，此事古难全。但愿人长久，千里共婵娟。